Champignons mycorhiziens
La tomate forme principalement une mycorhize arbusculaire avec certains champignons. Les hyphes du mycélium peuvent étendre la zone d'absorption de l'eau et des nutriments, en particulier du phosphore, et améliorer la tolérance des plantes à certains stress. L'ampleur de ces bénéfices dépend toutefois de l'espèce fongique, du substrat, de la fertilisation et de la présence d'un microbiote indigène. Une forte disponibilité en phosphore peut limiter la colonisation des racines ; c'est pourquoi l'utilisation d'un inoculum n'apporte pas toujours un effet supplémentaire.