Dans l'article d'aujourd'hui, nous allons vous parler d'un nouveau virus qui menace nos cultures ; nous aborderons également brièvement la question des passeports phytosanitaires et vous proposerons quelques anecdotes intéressantes. Nous vous invitons à la lecture.
À l’heure où la pandémie du virus SARS-CoV-2 dure depuis plus de deux ans et où les partisans de la vaccination s’opposent à ses détracteurs, nous n’avons guère envie d’entendre parler de nouvelles menaces, en particulier celles provenant de virus. Malheureusement, le monde végétal n’est en rien différent du nôtre – celui des humains. En particulier à l’ère de la mondialisation, la transmission des virus entre les continents est plus facile que jamais, et cela ne concerne pas uniquement les humains. Ce phénomène n’est pas nouveau, mais il s’est considérablement intensifié depuis que notre monde a commencé à se rétrécir. Voyager est devenu plus facile non seulement pour nous, mais aussi pour diverses espèces de la faune et de la flore. Il convient de citer ici deux exemples intéressants :
Le premier concerne les animaux – et plus précisément – les lapins. On considère officiellement que 24 lapins ont été importés d’Angleterre en Australie en 1859. L’initiateur de cette initiative était un certain Thomas Austin, et ces pauvres petits animaux devaient servir à la chasse. La vérité est toutefois tout autre : les lapins sont arrivés en Australie dès le 27 janvier 1788, à bord des navires de colonisation de la Première Flotte. En raison d’un hiver doux et de l’absence de prédateurs naturels, ils se sont rapidement multipliés, menaçant les espèces indigènes et provoquant une petite catastrophe écologique. Leur consommation excessive de végétation a entraîné une érosion des sols à grande échelle. On a d’abord tenté de les éradiquer par l’abattage, mais cela s’est avéré inefficace. Afin de les empêcher de coloniser de nouvelles zones, on a construit des clôtures d’une longueur totale de plus de 3 000 km. Les lapins ont tenté de les franchir en sautant ou en creusant des tunnels, mais ces clôtures ont fait leurs preuves. Pour réduire la population de lapins, on a eu recours à une arme biologique sous la forme du virus de la myxomatose, mais malheureusement, les lapins ont rapidement développé une résistance. En 1996, on a utilisé contre les lapins un calicivirus importé de Chine ainsi que des puces de lapin provenant d’Europe, ce qui a permis de résoudre le problème de l’invasion de lapins. Les lapins sont toujours présents en Australie, mais en petit nombre.
Un deuxième exemple de menace de ce type, qu’il convient de mentionner ici, est la maladie panaméenne et sa variante la plus récente : la Tropical Race 4 (TR4). Il s’agit d’un champignon présent dans les plantations de bananiers depuis 30 ans. Il infecte les bananiers par le sol et les détruit efficacement en obstruant leur système vasculaire. Ce champignon se transmet par le sol. S’il contamine le sol d’une plantation, celle-ci est irrémédiablement perdue.
Dans les années 50 du siècle dernier, la variété de banane la plus populaire était le « Big Mike » (Gros Michel). Une épidémie fongique a entraîné la disparition totale de cette variété. La variété Cavendish, résistante à la maladie de Panama, s’est avérée être le salut des bananiers. Oui, c’est précisément cette banane que l’on peut acheter dans n’importe quel magasin. En Pologne comme à l’étranger, 75 % de toutes les bananes vendues dans le monde sont des Cavendish. Cela signifie que les cultures actuelles de ces plantes constituent ce qu’on appelle une « monoculture ». Il n’y a aucune diversité génétique au sein de cette culture. Cette situation est très dangereuse, car l’absence de diversité signifie que si une nouvelle menace apparaît, l’ensemble de la culture actuelle risque de disparaître.
Nous avons évoqué tout à l’heure la Tropical Race 4 (TR4) : de quoi s’agit-il ? Les agents pathogènes, qu’ils soient viraux, bactériens ou fongiques, subissent des mutations constantes visant à s’adapter à de nouvelles conditions et à de nouvelles sources de nourriture. La TR4 et la maladie de Panama ont pour point commun de rendre le sol qu’elles infectent totalement impropre à la culture. Et il ne s’agit pas ici d’une contamination temporaire, d’un an ou de quelques années, mais d’une contamination permanente et irréversible.
Il n’existe que deux solutions : contrôler en permanence les plantations pour détecter la présence du champignon et déplacer les cultures vers des sites non contaminés. Bien que notre planète soit vaste, le nombre d’endroits où l’on peut cultiver des bananes est limité et cette superficie tend déjà vers zéro. La deuxième solution consiste à mettre au point de nouvelles variétés de bananes résistantes au TR4.
Il est temps de revenir à notre propre domaine : celui de la tomate. Nous connaissons depuis des années le mildiou de la pomme de terre ou le virus de la mosaïque du tabac. Nous savons comment lutter contre ces menaces et comment protéger nos cultures. Ces agents pathogènes font désormais partie intégrante du processus de culture de plantes telles que les tomates ou les pommes de terre. Malheureusement, depuis quelques années, nous observons l’apparition d’une maladie virale totalement nouvelle qui menace les cultures de tomates et de poivrons : le Tomato Brown Rugose Fruit Virus, ou ToBRFV (virus de la rugosité brune du fruit de la tomate). Ce virus appartient à la famille des tobamovirus :
Schéma et photo prise au microscope électronique. Source : Wikipédia
Sa présence a été constatée pour la première fois en 2014. Le principal foyer du virus se situe en Amérique du Nord (Mexique). Il a également été observé en Californie (États-Unis). En 2018, il est apparu pour la première fois en Europe (en Sicile et en Allemagne). En 2019, le virus a de nouveau été détecté en Italie (Sicile, Piémont) ainsi qu’en Grèce, en Espagne, aux Pays-Bas, en Turquie, au Royaume-Uni et en Israël : dans des cultures de tomates, principalement sous abri. On ignore comment le virus s’est introduit dans les pays européens. On sait également que cet agent pathogène est apparu dans plusieurs cultures en Pologne. Les plantes infectées présentent une réduction importante de la surface foliaire ainsi que des décolorations et des lésions nettes sur les fruits. Les rendements sont nettement inférieurs (de 25 à 70 %) et les fruits perdent toute valeur commerciale.
Voici quelques vidéos intéressantes. Dans la première, M. Andrzej Chodkowski, inspecteur en chef de la protection des végétaux et des semences au PIORiN, explique :
Dans la seconde, on peut observer en détail à quoi ressemblent les symptômes sur les feuilles et les fruits :
Illustration réalisée par la société Enza Zaden, présentant les différences entre l’absence de résistance (à gauche), une résistance moyenne (IR, au centre) et une forte résistance (HR, à droite) au ToBRFV :
Il n’existe actuellement sur le marché aucun produit phytosanitaire permettant de lutter contre le ToBRFV ou de protéger les cultures de tomates contre ce virus. Malgré des similitudes avec le virus de la mosaïque du tabac (TMV) et celui de la mosaïque de la tomate (ToMV), les variétés qui y sont résistantes ne présentent pas de résistance au ToBRFV.
Le virus se transmet par voie mécanique, par contact direct entre les plantes, via les outils de jardinage, les gants, les vêtements, etc., et sur de plus longues distances par le biais des plants destinés à la plantation et du matériel de greffage. Des expériences ont montré que le virus pouvait être transmis par les bourdons lors de la pollinisation des fleurs. De plus, le virus se propage avec les graines de tomate. Il résiste à des températures extrêmes (supérieures à 90 degrés Celsius) ainsi qu’à des pH élevés et bas (2,5 à 9) ; sous forme inactive, dans le sol, il peut survivre pendant de nombreuses années.
En cas de confirmation de la présence du ToBRFV dans une culture, les plantes infectées doivent être retirées de la serre en veillant à ce qu’elles n’entrent pas en contact avec les plantes saines, puis brûlées.
La prévention consiste tout d’abord à contrôler la provenance du matériel végétal (plants et semences), chaque opérateur commercialisant des plants et des semences est soumis une fois par an à un contrôle visant à détecter la présence du ToBRFV : des échantillons de feuilles sont prélevés et envoyés à un laboratoire afin de confirmer la présence ou l’absence du virus. Mise en place de procédures de sécurité appropriées : tenues de protection pour les employés, outils de jardinage jetables (ou désinfectés), interdiction d’entrer dans différentes serres avec les mêmes vêtements et de n’y utiliser pas les mêmes outils.
Faisons maintenant une petite digression. On nous pose souvent des questions sur les passeports phytosanitaires. Délivrons-nous ces documents, en disposons-nous et, fondamentalement, à quoi servent-ils ? Nous consacrerons prochainement un autre article à ce sujet, dans lequel nous aborderons ces documents de manière beaucoup plus approfondie. L’une de leurs fonctions est de permettre de retracer tout le parcours des plantes, depuis la graine jusqu’à l’endroit où elles termineront leur cycle de croissance. Il y a quelques années, la législation relative à la distribution des plantes et des graines a été modifiée : alors qu’avant cette modification, seuls les grands producteurs délivraient ces documents, depuis ces changements, toute entité vendant des plantes vivantes (ou des graines) via Internet. Même s’il ne s’agit que de la vente de feuilles isolées (comme c’est le cas, par exemple, pour les violettes africaines). Pour pouvoir délivrer ces passeports, il faut passer un examen approprié auprès de l’Inspection régionale ou départementale de la protection des végétaux.
Revenons-en maintenant à nos moutons : pourquoi avons-nous besoin de ces passeports ? Prenons un cas hypothétique : nous avons une culture de tomates dans laquelle une maladie inconnue apparaît. Nous demandons de l’aide à la délégation locale de l’Inspection phytosanitaire pour l’identifier. L’inspecteur effectue un contrôle et confirme une infection par le ToBRFV. Grâce à l’analyse du passeport joint aux plants achetés sur Internet, on remonte jusqu’à leur producteur. Grâce à la documentation relative à la vente des plants, on sait également où le matériel infecté a été expédié. Ce même virus, qui n’était pas présent auparavant, est également présent dans la culture locale. Une nouvelle fois, l’analyse des documents (passeports) permet de déterminer le lieu d’origine du matériel de semence à partir duquel les plants ont été préparés. Le contrôle effectué dans l’exploitation où les semences ont été produites révèle la présence du virus. De cette manière, en remontant le fil jusqu’à la source, il est possible de retracer tout le parcours effectué par le virus, depuis le début de l’infection jusqu’à sa fin. Mettre en place des mesures préventives, une quarantaine et la destruction des plantes infectées.
Un tel mécanisme permet de protéger nos cultures et de limiter la propagation des maladies connues et inconnues.
Pour finir, une bonne nouvelle concernant le ToBRFV. Depuis 2021, les premières variétés commerciales présentant une résistance accrue, voire une résistance totale, sont disponibles. Des entreprises telles que Bayer, NRGene, Philoseed, TomaTech et Enza Zaden travaillent notamment sur ces variétés. Le point de départ pour identifier les gènes de tomates résistants à cette menace a été la découverte d’une variété sauvage de tomate possédant un gène de résistance. Comme on peut le constater, la richesse du patrimoine génétique et sa diversité permettent à notre plante préférée de survivre. Cette caractéristique faisait défaut tant aux lapins australiens qu’aux bananiers.
Bibliographie :
Tobamovirus (EN) : https://en.wikipedia.org/wiki/Tobamovirus
Présentation du ToBRFV par le PIORiN : https://piorin.gov.pl/files/userfiles/wnf/nowe_zagrozenia/tobrfv_30.06.2020.pdf
Bayer présente des variétés présentant une résistance accrue au ToBRFV (EN) : https://media.bayer.com/baynews/baynews.nsf/id/Bayer-launches-additional-commercial-varieties-intermediate-resistance-Tomato-Brown-Rugose-Fruit
Travaux de recherche sur la résistance au ToBRFV chez NRGene et Philoseed (EN) : https://www.nrgene.com/press-releases/tobrfv/
TomaTech lance des variétés résistantes au ToBRFV (EN) : https://www.tomatech.com/team-2-5-2/
Document de la société Enza Zaden sur le ToBRFV (PL) : https://www.enzazaden.com/pl/news-and-events/aktualnosci/tobrfv-first-trial-results-confirm-high-resistance-level