Šaknis

Pagrindinė šaknis išsivysto iš embrioninės šaknies ir sudaro pagrindinę jauno augalo šaknų sistemos ašį. Pomidorui augant, vis didesnį vaidmenį atlieka gausios šoninės ir papildomos šaknys. Auginant iš daigų, stiebinė šaknis dažnai sutrumpėja persodinimo metu.